完成口袋妖怪火红的主线剧情后，玩家需要升级宝可梦图鉴并开启岛屿探索任务，以捕获更多精灵并推进二周目内容。如果玩家已经收集了超过六十种不同的宝可梦，大木博士会将图鉴升级为全国版本，从而允许访问新的岛屿区域和捕捉更多种类的宝可梦。玩家可以前往港口乘坐船只，开始一系列岛屿任务，这些任务涉及解决剧情冲突、获取关键物品和应对火箭队等敌对势力，为后续冒险奠定基础。
岛屿之旅通常从一号岛起步，玩家需要在那里探索火焰山等地点击败火箭队成员，并获取通行证以访问其他岛屿。在二号岛和三号岛，玩家会接到帮助寻找失踪人物或处理当地事件的任务，例如解救被精灵惊吓的儿童并获取奖励如月之石。每个岛屿都设计有独特的障碍和谜题，要求玩家运用冲浪、砍树等技能来推进，同时与训练师战斗以提升精灵等级和收集资源。
玩家有机会捕捉多种传说宝可梦，如火焰鸟、闪电鸟和冻鸟，它们分布在特定的山顶、洞穴或水域中。超梦等神兽需要在神之领域或特殊地点收服，这往往要求玩家完成前置任务或解决推石、潜水等环境谜题。捕捉这些高等级宝可梦需要策略性准备，包括提升精灵能力和使用合适道具，以应对它们的强大技能和独特属性。
完成所有岛屿任务后，玩家会获得蓝宝石或红宝石等关键物品，用于开启宝可梦通讯功能或解决最终剧情冲突。玩家可以返回水蓝市等主线区域收服超梦或其他稀有宝可梦，并访问战斗塔或冠军之路等挑战地点，以测试自己的收集成果和战斗技能。这些任务不仅扩展了游戏时长，还提供了丰富的探索元素，确保玩家在二周目中体验到完整的冒险闭环。
